Provinciale Staten de bevoegdheid om waterschappen in te stellen en op te heffen. Indien tot instelling is besloten, bepaalt de Wschw dat Provinciale Staten een waterschapsreglement vaststellen, waarin is vastgelegd welke taken het waterschap heeft, hoe het bestuur is samengesteld, en hoe de verkiezingen zullen plaatsvinden (art. 3 t/m 9 Wschw). Bij het opstellen van de reglementen moeten de provincies rekening houden met de in de Wschw aangebrachte hoofdlijnen. De besluiten tot instelling, opheffing en reglementering van de waterschappen moeten worden goedgekeurd door de minister van Verkeer en Waterstaat (art. 5 Wschw).
Het waterschap is een vorm van functioneel bestuur. Daarom wordt het waterschapsbestuur anders samengesteld dan de besturen van provincies en gemeenten. Deze laatste overheden hebben in beginsel een onbepaalde taak. Het waterschap heeft één bepaalde taak: de waterstaatkundige verzorging van een gebied. Dit functionele karakter van het waterschap heeft gevolgen voor de flexplek apeldoorn inrichting van het bestuur en de financiën: zij die een belang hebben dat rechtstreeks afhankelijk is van de taakuitoefening van een waterschap, moeten betalen voor wat het waterschap doet en krijgen daar zeggenschap over de besteding van het belastinggeld voor terug. De financiële en bestuurlijke structuur van een waterschap is in de wet ingericht volgens het beginsel ‘belang-betaling-zeggenschap’. Er bestaat dus een onverbrekelijk verband tussen de vertegenwoordiging in het bestuur en het meebetalen van de kosten.
De categorieën belanghebbenden zijn (art. 11 lid 2 Wschw): de zakelijk gerechtigden tot ongebouwde onroerende zaken (bijvoorbeeld eigenaren van cultuurgronden); degenen die krachtens een door de Grondkamer goedgekeurde pachtovereenkomst het gebruik hebben van ongebouwde onroerende zaken (pachters); de zakelijk gerechtigden tot gebouwde onroerende zaken (huiseigenaren); de ingezetenen: zij die hun werkelijke woonplaats hebben in het gebied van het waterschap (inwoners); degenen die op grond van een zakelijk of persoonlijk recht gebouwde onroerende zaken in gebruik hebben als bedrijfsruimte (fabrieken en dergelijke).
Omdat de belangen niet voor alle categorieën gelijk zijn, heeft dit gevolgen voor het aandeel in de kosten en het aantal bestuurszetels. Hoe meer belang, hoe hoger het aandeel in de kosten en hoe groter de zeggenschap in het bestuur. Bij de verkiezingen van het waterschapsbestuur gaat de Wschw voor de categorieën ‘gebouwd’ en ‘ingezetenen’ uit van directe verkiezingen. Voor de categorie ‘bedrijfsgebouwd’ gelden altijd indirecte verkiezingen. De provincie bepaalt hoe de zetels over de diverse categorieën worden verdeeld.
De voorzitters van de waterschappen worden door de Kroon benoemd voor een periode van zes jaar. Vanwege de onafhankelijke positie maakt de voorzitter geen deel uit van het algemeen bestuur. Het ambt van voorzitter is onverenigbaar met dat van burgemeester of met de functie van wethouder van een in het waterschap liggende gemeente. Het Algemeen bestuur van het waterschap wordt gevormd door vertegenwoordigers van categorieën van belanghebbenden bij de uitoefening van de taken van het waterschap (art. 11 en volgende Wschw). Het dagelijks bestuur bestaat uit de voorzitter en een door het algemeen bestuur te bepalen aantal andere leden (art. 40 en volgende Wschw).